Sơ đồ tổ chức
Hiện nay, Viện có 16 phòng nghiên cứu, nghiệp vụ và ba đơn vị thành viên. Trong đó có 12 phòng nghiên cứu khoa học, gồm: Phòng Nghiên cứu Công nghệ Khai thác Hầm lò, Phòng Nghiên cứu Công nghệ Khai thác Lộ thiên, Phòng Nghiên cứu Chế biến Than – Khoáng sản, Phòng Tư vấn Đầu tư, Phòng Công nghệ Xây dựng Công trình Ngầm và Mỏ, Phòng Đào tạo và Phát triển dự án, Phòng Máy & Thiết bị mỏ, Phòng Điện tự động hóa & Tiết kiệm năng lượng, Phòng Nghiên cứu Địa cơ Mỏ, Phòng Nghiên cứu Công nghệ Môi trường, Phòng Kinh tế Dự án, Phòng Tư vấn Xây dựng và Quản lý dự án; 4 phòng quản lý nghiệp vụ gồm: Phòng Tổ chức hành chính, Phòng Kế hoạch, Phòng Kế toán, Phòng Quản lý khoa học và Hợp tác Quốc tế; 3 đơn vị thành viên, gồm: Công ty Cổ phần Phát triển Công nghệ và Thiết bị Mỏ, Trung tâm An toàn Mỏ, Trung tâm Nghiên cứu Phát triển than Đồng bằng Sông Hồng.
