Ngày 16/3/2018, tại Viện Khoa học Công nghệ Mỏ, Trung tâm chứng nhận phù hợp (QUACERT), Tổng cục Tiêu chuẩn đo lường chất lượng,đã tiến hành đánh giá giám sát Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001:2008 của Viện Khoa học Công nghệ Mỏ theo Quyết định số 1124/QĐ- QUACERT, ngày 07 tháng 03 năm 2018.
Đến ngày 23/5/2016 Viện được QUACERT cấp Giấy chứng nhận Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001:2008, trong các lĩnh vực hoạt động: 1) Nghiên cứu và phát triển thực nghiệm khoa học công nghệ; 2) Tư vấn lập dự án đầu tư, thiết kế, khảo sát địa chất, địa hình và quản lý dự án đối với công trình mỏ và công nghiệp; 3) Tư vấn lập báo cáo đánh giá tác động, phương án cải tạo phục hồi môi trường và các dịch vụ quan trắc môi trường. Giấy chứng nhận có hiệu lực kể từ ngày 23.5.2016 đến ngày 14.9.2018.
Sau một thời gian hoạt động theo tiêu chuẩn ISO 9001:2008, ngày 19/1/2018 Viện đã tiến hành đánh giá nội bộ và kiểm tra chéo giữa các phòng ban trong toàn Viện và ngày hôm nay (16/3/2018), Đoàn chuyên gia của Trung tâm chứng nhận phù hợp (QUACERT) đã lựa chọn ngẫu nhiên một số phòng ban để kiểm tra, đánh giá giám sát việc thực hiện Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001:2008