Hiện nay, Viện có 12 phòng nghiên cứu; 04 phòng nghiệp vụ; 01 Công ty thành viên; 02 đơn vị trực thuộc:
Trong đó các phòng nghiên cứu khoa học gồm:
Phòng Nghiên cứu Công nghệ Khai thác hầm lò, Phòng Nghiên cứu Công nghệ Xây dựng Công trình ngầm và Mỏ, Phòng Tư vấn Đầu tư, Nghiên cứu Công nghệ khai thác Lộ thiên, Phòng Nghiên cứu Chế biến Than – Khoáng sản, Phòng Điện Tự động hóa và Tiết kiệm Năng lượng, Phòng Máy và Thiết bị Mỏ, Phòng Nghiên cứu Địa Cơ Mỏ, Phòng Nghiên cứu Công nghệ Môi trường, Phòng Kinh tế Dự án, Phòng Tư vấn Xây dựng và Quản lý Dự án; Phòng Đào tạo & Phát triển các dự án thực nghiệm.
Các phòng quản lý nghiệp vụ gồm:
Phòng Quản lý khoa học và Hợp tác Quốc tế, Phòng Tổ chức Hành chính, Phòng Kế toán, Phòng Kế hoạch.
02 đơn vị trực thuộc là Trung tâm Nghiên cứu Phát triển than Đồng bằng Sông Hồng và Trung tâm An toàn Mỏ.
01 Công ty thành viên – Công ty Cổ phần Phát triển Công nghệ và Thiết bị Mỏ.
