Công đoàn Viện Khoa học Công nghệ Mỏ được thành lập ngay từ những ngày đầu mới thành lập Phân Viện Nghiên cứu KHKT Than vào tháng 12/1972 với có hơn 80 đoàn viên công đoàn và trực thuộc Công đoàn Bộ Điện và Than.
Qua 49 năm xây dựng và phát triển, Công đoàn Viện Khoa học Công nghệ Mỏ đã trải qua 19 kỳ Đại hội, mỗi kỳ Đại hội là một bước phát triển vượt bậc về chất lượng, phương thức hoạt động của Công đoàn và số lượng đoàn viên.
Đại hội Đại biểu Công đoàn Viện lần thứ XIX (nhiệm kỳ 2017-2022) được tổ chức Ngày 29/8/2017 với sự tham dự của các đồng chí Lê Thanh Xuân, Ủy viên BCH Tổng LĐLĐ Việt Nam, Chủ tịch Công đoàn TKV; đại biểu các Ban chuyên đề Công đoàn TKV và 135 đại biểu ưu tú, đại diện cho 447 đoàn viên công đoàn trong toàn Viện.
Hiện nay, Công đoàn Viện Khoa học Công nghệ Mỏ là tổ chức Công đoàn cơ sở trực thuộc Công đoàn Vinacomin. Ngoài 17 tổ công đoàn, Viện còn có các công đoàn cơ sở thành viên: Công đoàn Trung tâm An toàn Mỏ và Công đoàn Công ty CP Phát triển Công nghệ và Thiết bị Mỏ; công đoàn Trung tâm NCPT than Đồng bằng Sông Hồng.
Lực lượng đoàn viên công đoàn của Viện không ngừng lớn mạnh cả về chất và lượng, năm 2007 tổng số đoàn viên công đoàn mới là 217 người trong đó có 97 nữ, đến năm 2017 (ĐH Đại biểu CĐ Viện lần thứ XIX) đoàn viên công đoàn đã lên tới 447 người, trong đó có 128 là nữ. Và đến tháng 10/2021, tổng số đoàn viên công đoàn của Viện là 311 người trong đó có 84 đoàn viên công đoàn là nữ.
Ra mắt BCH Công đoàn Viện, nhiệm kỳ 2017-2022
Ban chấp hành Công đoàn khóa XIX, nhiệm kỳ 2017 – 2022 gồm 9 đồng chí, đồng chí Vũ Thái Nam là Chủ tịch.
Ngày 17/03/2023, Công đoàn Viện Khoa học Công nghệ Mỏ đã long trọng tổ chức Đại hội Đại biểu lần thứ XX (nhiệm kỳ 2023-2028) và bầu ra Ban chấp hành Công đoàn khoa mới gồm 9 đồng chí, đồng chí Lưu Văn Thực là Chủ tịch.
Ra mắt BCH Công đoàn Viện Khoa học Công nghệ Mỏ khóa XX, nhiệm kỳ 2023-2028
